隨著世界各國對水下文化資產保存與維護的重視及我國對於海洋政策的推動，本處從2006年開始即著手規劃與推動一系列與水下文化資產相關的中長程計畫，包括水下文化資產普查、法令研訂、歷史研究、出水遺物保存修護、人才培訓、教育推廣及國際合作等。為進一步推展水下文化資產保存維護的正確觀念，特別於今（2009）年10月辦理「潛進歷史─水下考古特展」，並出版展覽專刊，以提升國人對於水下考古的認知與聚焦。