2012南島民族國際會議的執行預期達到以下目的：一、提昇台灣原住民在南島民族的國際能見度及地位；二、建立良好的學術交流互動平台並促進國際間的實際合作關係；三、探索台灣與太平洋南島民族的歷史與心靈資源；四、提昇國內社會大眾對原住民議題的重視；五、開拓原住民在國際上的互動交流平台。