我國為順應世界潮流與國家發展需要，亦積極推動政府再造工程。行政院為加強服務南部地區民眾、促進區域均衡發展及協調地方重要建設，由院長指示於高雄設置「行政院南部聯合服務中心」，並於1998年6月1日開始正式運作。其設立宗旨為：提供有效率的單一窗口，服務南部地方民眾，協調地方重大建設事項之推動，以促進南北均衡發展。從組織架構而言，由各合署辦公之各部會建制單位、相關部會派員組成之任務編組單位及經依法授與公權力之民間團體共同組成。其人事與預算經費分由行政院與合署辦公單位支應。運作後對平衡南北發展，加強民眾服務等貢獻