擁有與地面截然不同生態系統的地底巨大迷宮竟然是『辛迪加』的特工培育機構。 曾經隻身逃離該處的伊莉，被過去的夥伴們認為是「背叛者」，生命遭受到威脅。 世界規模的大災害造成各國政府陷入混亂，百合崎士堂博士預言的末日正進入倒數計時。 非法線圈、回收業者、『阿德剌斯忒亞』…所有的要素全都集中指向米拉以及『方舟計畫』——！！