某個組織為了破壞源堂、唯一行人所推動的研究而派出了渚薰。接受密令的薰開始接近真嗣建立起友好關係。但是將兩人的關係視為一種危機的明日香、零，為了搶回真嗣而進行合作，開始執行某個計畫！薰的出現讓真嗣爭奪戰也變得白熱化？
　　「學園福音戰士」第二集繼續開課！
　　在PC遊戲上引爆話題的『碇真嗣育成計畫』終於改編成漫畫正式登場了，主角由開朗的真嗣擔綱，搭配人造美女零和青梅竹馬的明日香這兩位女主角，將在本次的作品中展開全新的純愛校園生活。已經玩過PC遊戲的讀者們可以藉由本次的作品重溫舊夢，尚未玩過遊戲的讀者，更可以用全新的角度來欣賞這部被人造美女與天生美女包圍的青春科幻校園故事。