魔法正式成為現實的技術，已經將近一個世紀。全國高中生魔法學論文競賽──俗稱「論文競賽」。這是年輕英才雲集，發表魔法學研究成果的秋季大舞台。今年，這個季節一樣來臨了。魔法科高中生遭到巨大組織「大亞聯盟」盯上。神秘的特務、潛伏在校園內的叛徒，以及危險度封頂的魔法師──都接二連三出現在在準備「論文競賽」的達也與朋友四周。魔法科高中的精銳們，傾巢而出面對來襲的使者們！相當於原作第６、７集進度的「橫濱騷亂篇」由天羽銀隆重漫畫化！