在大(土反)斬殺奉行所輔佐‧內山彥次郎，獲知長州藩密謀的新選組，雖然回到京都探查尊攘激派的動向，但卻掌握不住實證……就在此時，歲三遇見(土反本龍馬，因而得知燒毀京都計畫的一隅。之後，逮捕尊攘激派一夥的古高俊太郎，成功讓他招出計畫的全貌！他們決定要先下手為強，逐一搜查京都當中的茶店、旅店，分成近藤隊、土方隊兩路開始搜索！人數少的近藤隊，發現了根據地‧池田屋，決定靠著僅僅五個人殺進去……！之後，新選組最大的逮捕事件展開了！