艾爾涅斯帝和亞黛爾楚為了保護遭到汙穢之獸攻擊的飛空船隊，先後墜落至博庫斯大樹海。兩人在此地遇見居住在樹海裡的其中一支巨人族──凱爾勒斯氏族，也因此逐漸捲入巨人族之間的紛爭。另一方面，銀鳳騎士團再次組成飛空船隊朝樹海深處進發。他們搜索騎士團長的行動不久便帶來多方面影響，導致最大的巨人氏族──盧貝氏族採取行動。面對其擁有壓倒性力量且率領汙穢之獸軍團侵略的暴行，艾爾等人召集了各氏族，計畫組成聯軍與之對抗。